生工技术 | 使用MEGA4.1软件构件进化树

 

许多做了测序的小伙伴需要做进化树辅助数据库比对结果，进化树是用来描述物种之间进化关系的树枝状图形。

 

我们将演示如何用MEGA4.1软件构件一棵进化树：

 

 

序列准备

 

 

以研究细菌进化关系为例，首先将测序得到的16s序列BLAST比对下：

 

 

在比对结果中，选取需要的，得到这些比对结果结果的FASTA序列：

 

 

新建TXT文件，命名某某进化树，里面的序列用>和菌的名称+登录号命名，序列依次粘贴，当然我们还要选择差距大些的才能分支比较明显，比如选择种属都不相同的序列，这样做出的树才会有差异性。

 

做好的TXT格式如下：

 

 

当然，该文本文件可以添加任何需要构建进化树的序列。

 

 

MGEA4.1软件对序列进行排布

 

 

打开MGEA4.1软件：

 

 

点击Alignment里面的Alignment Explorer/CLUSTAL出现如下界面，选择Create a new alignment，单击OK。

Create a new alignment ：是在没有任何比对的时候使用。

Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件；

Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，打开后的界面都是一样的。

 

 

我们比对的是DNA序列所以选择Yes：

 

 

选择红色框添加序列：

 

 

添加序列之后如下，选择Align by Clustal W：

 

 

ClustalW是一个多重比对软件，两两对齐和多重对齐进度如下：

 

 

选择Data里面的Exit AlnExplorer跳出将对齐界面保存到文件夹中吗，选择YES。

命名、保存后又跳出要不要保存MEGA文件，也选择YES。

 

 

 

 

MGEA4.1软件对排布序列构建进化树

 

 

用MEGA打开刚保存的比对过的文件，选择YES，

然后我们看MEGA软件的整个界面发生了变化，多了几个选项：

 

 

我们选择Phylogeny下面的Bootstrap Test of phyloseny里面的邻接法Neighbor-Joining，选择参数如下：

 

 

将“bootstrap”自展值设定为重复1000次。

计算模式选择“Model”选择“Kimura 2-parameter”,这是常规建树的选择模式。

加强建树的精度方面“Gamma parameter”,参数可以根据自己的要求设定。在这里采用缺省值“1.0”。并点击 “computer” 进行计算。

建树结果如下：

 

 

如下解释下进化树上的各数值：

1. 节点:表示一个分支单元.

2. 进化分支长度（遗传距离）:分支长度越长表示该分支对应物种的变化越大.

3. Bootstrap值：该值的范围是1%-100%，值越大该节点置信度越高。

4. 距离标尺：下部的数字指该长度的分支代表基因组的遗传变异度。 

 

点击“caption”，将显示本次进化树的所有参数内容。

 

更多MGEA菜单项解释可以参考如下链接，文章写的不错，分享一下：https://liucheng.name/612/