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发布日期:2025/8/2 17:41:00
miRNA的生产过程及用NCBI查找miRNA序列
什么是miRNA?
 
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MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为19~25 nt的非编码单链RNA分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控,因此,其在肿瘤发生发展、器官形成、病毒防御、表达调控及代谢等方面发挥着非常重要的作用。简单来说,miRNA就是一条不会翻译蛋白的小RNA。nt指核苷酸,bp是碱基对,miRNA是单链故用nt作为单位。

 那么miRNA是如何产生的呢?
 
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在细胞核中RNA聚合酶Ⅱ或Ⅲ将miRNA基因转录为初级转录产物pri-miRNA(长度大约为300~1000个碱基)。

 

 
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pri-miRNA在细胞核中经Drosha/DGCR8复合物催化生成pre-miRNA(长度约为70~90个碱基)。

 

 
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pre-miRNA在转运蛋白Exportin-5的作用下由细胞核转运到细胞质中。

 

 
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pre-miRNA在细胞质中由Dicer/TRBP复合物切割开始产生成熟的miRNA,长约19~25nt。

 

 
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接着由另一种RNaseIII-Dicer 酶进一步切割产生长约19~25nt的成熟miRNA。成熟的miRNA与其他蛋白质一起组成RISC(RNA-induced silencing complex)复合体,从而引起靶mRNA降解或者翻译抑制。成熟的miRNA可以产生于发夹的5'臂和3'臂,但后者频率高于前者,根据其产生来源会将miRNA命名为“-5p”和“-3p” 来进行区分。如hsa-miR-21-5p和hsa-miR-21-3p,分别表明从hsa-mir-21前体的5’端臂和3’端臂加工而来。根据其表达水平不同也会进行标记区分,表达较高的miRNA后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA后面加上*号,如hsa-miR-21*,有时带“*”的miRNA就根本不出现。

 

 通过NCBI数据库查找miRNA
 
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在查找miRNA成熟体序列的时候,通常我们建议通过专门数据库miRBase数据库查找,数据收集会比较全,但是最近小伙伴们发现miRBase数据库总是很难打开,等不起的小伙伴不要担心,也可以转战其他数据库。

下面就给大家介绍下平时我们非常熟悉的NCBI数据库是如何查找miRNA序列的。

以查找小鼠 microRNA 122-5p序列为例

 
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打开NCBI 选择Gene选项

 

 
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搜索框里面输入我们要查找的基因名称,miR122 一般后面的-3p或者-5p先不放,点击搜索。

 

 
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我们看到结果如下,找到我们需要的物种,点击对应物种的基因名称。

 

 
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打开页面如下,然后我们再点击到参考序列这里,或者往下拖到序列也是可以的(这些是不是都非常熟悉,和我们查找mRNA序列其实是一样的)。

 

 
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我们看到RNA序列这里,然后点击对应的NR号。

 

 
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打开界面如下,红色为物种名称 绿色是我们查找的基因名称。

 

 
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这个时候细心的小伙伴就会发现我们找到的并不是成熟的microRNA序列了,因为碱基序列有70nt左右 ,其实页面里面有描述,这个是一个microRNA的前体序列,那么关键来了,我们怎么找到我们需要的成熟体序列呢?

 

 
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再往下拉,我们可以看到ncRNA字样,点击它页面如下。

 

 

这个时候我们就可以看到我们需要的序列已经被圈出来了,包括基因序列,还有详细的描述,复制这个序列我们就可以开始设计成熟miRNA的qPCR引物啦。

今天的技术分享就到这里啦,小伙伴们学会了吗?快快分享一起学习吧!

 
END

 

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