做靶向捕获测序咨询的时候，我们一般都会问以下问题：

A） 目标物种是啥？有多少样品数目？

B） 候选靶区域是SNP位点集合还是少数基因的外显子区域？

C） 样品来源是什么？常规DNA，FFPE来源的DNA，cfDNA？浓度是多少，总量有多少？

D）关注遗传突变还是体细胞突变？

下面我们就来逐一解释一下，为什么我们会关注这4个方面的问题。

A）目标物种是啥？有多少样品数目？

靶向测序必然是有参考基因组的，并非任意物种我们都能做多重扩增引物设计，或者捕获探针设计。我们目前有经验且能做的主要包括以下物种，其余物种只能尝试设计，不能确保成功率。

多少样品数目是因为，如果样品太少，定制靶向捕获体系不划算，除非是为了验证技术、申请专利或者是为未来实验做铺垫等。

B）候选靶区域是SNP位点集合还是少数基因的外显子区域？

如果是SNP集合，一般我们优先考虑做一管PCR Panel，如果是基因的外显子集合，我们一般优先考虑做两管PCR Panel，后者成本高一倍以上。

C）样品来源是什么？常规DNA，FFPE来源的DNA，cfDNA？浓度是多少，总量有多少？

这个比较好理解，常规DNA可以设计的产物长度稍微长一点，cfDNA本身只有140 bp左右，因此扩增产物长度一般都比较短，FFPE来源的DNA也类似。

单次PCR一般消耗5-10 ng以上的模板DNA（少数低于这个值的，只能想办法加大循环数），所以总量一般建议给我们200 ng/样品比较保险。

至于别的样品来源，以满足可以抽提到200 ng以上DNA这个条件为准。

D）关注遗传突变还是体细胞突变？

遗传突变是个体自受精卵细胞开始，就携带的突变，对单个SNP位点而言，遵循纯合子未突变（突变比例为0）、杂合子突变（突变比例为50%）、纯合子突变（突变比例为100%）三种情况。

体细胞突变是个体特定细胞突变后形成的，肿瘤突变即是，因此个体血液细胞内携带的突变比例不等，肿瘤组织由于细胞异质性，突变比例也不完全一样。进一步说，由于手术获得的“肿瘤组织”也并非100%由肿瘤细胞构成，因此突变率一般百分之零点几至百分之十几不等。

生殖细胞突变及体细胞突变^[1]

关注遗传突变的，更多考虑多重扩增的检测方法，关注体细胞突变的，更多应该考虑杂交捕获的检测方法。

生工推荐

生工生物工程（上海）股份有限公司自2011年成立高通量测序部以来，逐步引进了Illumina，Life，DNBSEQ，PacBio、Nanopore、等二代/三代测序平台。建立了2000平米高标准实验室（通过了国家ISO认证）并搭建了50PB级存储及运算能力的服务器集群，能满足绝大多数科研客户的研究需要。同时，生工高通量测序团队建设也在不断完善中，目前有100余专职员工，其中高级技术人员以及高级生物信息工程师占比50%以上，10年来，通过生工高通量测序服务所发表的文章累计影响因子在10000分以上。

生工生物现可提供多种靶向捕获测序定制，感兴趣的小伙伴欢迎来电与我们技术支持沟通交流。

技术支持联系方式：021-3777 2413。

参考文献

1. https://the-dna-universe.com/2021/05/13/oncompass-navigate-through-personalised-cancer-therapy/

图源来自于网络