1.1 登录NCBI官网，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

1.2 点击All Resources

1.3 再点击Downloads，之后点击BLAST (Stand-alone)，

1.4 找到下载链接并点击下载

1.5 下载适用版本的可执行文件（我们自己的示例电脑为64位操作系统的，因此下载64位的）

1.6 下载完成后，默认安装到本地电脑

2.1 适用win+R快捷键，然后输入cmd（或者点击开始-运行-输入cmd），进入DOS命令界面

2.2 创建比对工作的文件夹

输入命令：md localblast

注意md后面有个空格；

输入命令：dir查看创建成功与否

也可以在C盘内看到该文件夹

2.3 准备比对文件

分别准备需要比对的基因序列文件（fasta/fa格式）和被比对的全部转录本文件，也就是数据库来源，亦为fasta/fa格式。

备注：fasta格式文件为行以“>”开头记录序列id，然后另起一行记录序列碱基组成，如下图所示：

文件准备好后，如下：

2.4 构建数据库

先进入目标文件夹，输入命令：cd localblast

然后输入如下命令：makeblastdb -in input_file -dbtype nucl -out database_name

文件夹中会多出一些文件，这些文件即是数据库文件，如下：

input_file：数据库的文件名称，例如unigene.fa 

nucl：数据库的性质，本文中nucl为核酸序列，也可以选择prot，为蛋白序列

database_name：数据库名称，如不填，则为输入文件名称 

其它更多参数信息，可以输入命令makeblastdb -help进行查看。

备注：每个字段间必须使用空格隔开。

3.1 输入DOS命令：blastn -query target.fa -db Unigen -out blastout.txt -evalue 1e-5

blastn：调用的比对软件模块，该模块为核酸序列比对核酸序列。也可以调用blastx执行核酸序列比对蛋白序列功能。

-query target.fa：需要比对的序列文件

-db Unigene：数据库

-out blastout.txt：比对结果输出文件

-evalue 1e-5：比对期望值，默认设置为1e-5

3.2 在工作目录下，打开blastout.txt文件，查看比对结果。