为什么我们不保证
二代测序可以获得完整病毒或者质粒的基因组序列？
我们的技术支持几乎每天都会接到这样的电话，或者来自客户、或者来自销售，对话场景基本是这样的：
Q：我有个DNA病毒基因组要测序，你们可以测到全长吗？
A：呃，我们可以进行二代测序，但不能保证最终获得该病毒基因组全长。
Q：为什么啊？
A：这个@#￥%……&*……%#@￥%……&……￥
上述这样的场景几乎每天重现。
这里我们来详细聊聊这个问题。
其实，正确的逻辑顺序是这样的。
假设，病毒基因大小是100 kb，宿主细胞是3 G（3×10^8 bp，以人细胞为例）。我们通过离心，获得了100万个病毒，但是不小心混进来了10个宿主细胞。（这种情况下，可以认为病毒已经很纯了）。
根据上述假设，病毒的基因组总量是100万 × 100 kb=1 × 10^8 bp，宿主的是10 × 3 × 10^8 = 3 × 10^9 bp。那么病毒基因组只有宿主的1/30。
最后，我们拿这样的样品来进行高通量测序，最终结果当中，也只有1/30的数据是病毒的。言下之意是，只有1/30的数据是可用的。这种情况下，要获得完整病毒序列，是非常难的。尤其是二代测序本身就比较短的情况下。
然而，这还不算完。
我们再来讨论另外一个问题：
Q：我们能否事先就评估DNA内宿主的污染比例呢？
A：可以，做数字PCR就行。需要设计特异性探针引物，去做数字PCR，然后再计算DNA内宿主的比例。
PS：这个实验估计没个上千元，应该是搞不定的，成本比较高。
所以，回到最初的问题。
有一位学者这样问道：
Q：我看到某某文献，人家也是用高通量测序的办法，测到的病毒完整基因组。为什么你们就不行？
对于这个问题，可以这样反问自己：是否能保证DNA当中完全没有宿主DNA或者宿主DNA占比极少？
Q：那这个问题有办法解决吗？
A：采用三代测序，利用长读长的优势，可以提高获得完整病毒基因组序列的概率。
原因也很简单，就像玩拼图游戏。一个拼图有1000块碎片，另一个拼图只有9块碎片，请问哪个更好拼装好呢？
该图片源自nanopore测序手册
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