关注过生工生物公众号前几期关于实验室耗材理化、生物洁净性能的讨论文章的朋友们,可能会考虑到,除了金属元素低析出、常见的无菌无热原的需求,在做分子实验时,更需要考虑到所用耗材的无核酸酶洁净属性,包括无DNA酶、RNA酶,以免造成核酸样品的分解,影响实验结果。
有的时候,我们干脆会直接进一步考虑,从应用端效果要求,需要实验室耗材无PCR抑制,即对PCR实验不造成干扰产生抑制。
PCR实验反应涉及的因素和操作很多,产生被抑制时要考虑的原因也很多。大的层面可以分为两方面,一为PCR体系本身的因素,一为外部进入到体系的物质造成影响。
PCR体系因素
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引物、探针。引物、探针的设计需要考虑特异性、长度、扩增跨度、碱基、修饰等原则,直接影响到整个PCR的扩增的引导和检测。
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酶。酶的性能影响扩增效果和效率,酶的浓度也需要摸索合适的条件,若过低则可能降低扩增产物的量,若过高又可能引起非特异性扩增。
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dNTP。dNTP需要留意配制溶液的酸碱度,而且一般情况反应中的几种dNTP浓度也应一致,以免引起浓度过高的发生错配,同时也应避免过低影响产量。
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模板。需要保证模板核酸的纯度、总量,避免降解。
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Mg2+。需注意镁离子的浓度,过高时会导致反应特异性降低,出现非特异性扩增,过低时会降低Taq 酶的活性,降低产量。
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温度与时间。变性、退火、延伸的温度及时间,也需摸索合适条件,实验才能正常持续反应。
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循环数。循环次数主要取决于模板的浓度,也需控制在适当范围内,过少则会导致扩增反应不足,过多则会引起非特异性产物增多。
体系外部因素
体系外部的因素,又可以分为两大方面,内源性的物质和外源性的物质。
内源性的物质主要是样品自身组成成分,如免疫球蛋白、蛋白酶、血红蛋白、脂类、黏蛋白、尿素、离子、胆盐、多糖等。欲避免这些因素,则要在样品纯化的阶段处理好这些物质。
外源性的物质主要是一些其他的抑制性物质,如肝素抗凝剂、纤维素、硝酸纤维素等,紫外线过度照射的矿物油或塑料析出,滑石粉,以及各种会接触到的实验室耗材如含有抑制物则也会造成影响。这些影响因素则是要在实验操作的过程中注意避免,同时也需选择无PCR抑制洁净属性的实验室耗材进行实验,或者验证使用的耗材是无PCR抑制的。
另外,一些PCR增强剂,如甜菜碱、二甲基亚砜、甲酰胺、甘油、PEG、亚精胺和单链DNA结合蛋白等,虽然可对PCR反应产生增强效果,但是如果其浓度过高,也会相反对PCR产生抑制,因此需要注意使用浓度。
实验室耗材产生PCR抑制的可能因素也较多,例如:
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存在前文提到的外源性的抑制物;
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紫外线过度照射产生塑料物质析出;
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PEG析出含量过高;
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环氧乙烷灭菌处理后,未妥善处理好环氧乙烷的解析,造成环氧乙烷残留超标,则可能会影响PCR实验反应。
有理论显示,环氧乙烷活性较高,两个碳原子均可以发生反应。
最常见的和DNA中的氮反生亲核开环反应,生成β-羟乙基衍生物。主要反应位点有:胞嘧啶N3、腺嘌呤N1和N3、鸟嘌呤N7、磷酸酯。
和磷酸酯的烷基化会导致DNA断裂。
因此,残留超标的环氧乙烷可能造成PCR反应体系中的DNA的减少,从而影响反应效果。
我们也经过实验看到,在qPCR实验中,Mix+酶的溶液中加入环氧乙烷之后,与对照组相比,反应的CT值增加较大,并且随着孵育时间的增加而增值变大。
那么,怎么去保证无PCR抑制的实验室耗材的产出呢?
首先,需要采用高品质的洁净塑料原材料,控制生产环境及人员操作的洁净标准,提高生产的自动化率以减少人为污染。
其次,产出品后续灭菌处理需遵循已验证标准。如是辐照灭菌处理,则选择耐辐照材料;如是紫外线灭菌需控制照度适量;如是环氧乙烷灭菌处理,则应保证自然解析时间,或者建立解析房进行处理,并通过解析时间的残留量的测试验证然后进行放行。
再者,加入产成品的无PCR抑制的质检项目,对耗材产品的无PCR抑制的洁净性能进行验证。选取检测样品的供试液,与对照样品同条件进行qPCR测试,需保证反应CT值不应超过规定值。
这样,则保证送到客户手中的耗材是不会对PCR实验产生影响的高品质实验室耗材。
BBI@实验室耗材
生工生物的实验室耗材业务产线,遵循了上述原则,于10万级洁净车间内进行注塑生产,采用高洁净度的塑料原材料,配备自动化机械手臂,洁净规范操作,避免生产环境及过程或人为引入PCR抑制因素。并对产成品进行无PCR抑制检测验证,待检样品供试液与阴性对照品进行qPCR,满足CT值相差需在±0.5 Cycle之内,方可视为符合要求。以此确保我们生产的实验室耗材产品为无PCR抑制规格。
产品编号 | 产品名称 |
F601215 | 吸头,10 μl,PP,本色,灭菌,无DNA酶、RNA酶 |
F601227 | 吸头,200 μl,PP,黄色,灭菌,无DNA酶、RNA酶 |
F601222 | 吸头,1000 μl,PP,蓝色,带刻度,灭菌,无DNA酶、RNA酶 |