技术分享丨NGS技术在病毒分型及溯源中的应用

NGS技术在病毒分型及溯源中的应用

感染性疾病是指由细菌、病毒、真菌、支原体等病原体的侵入，引发的身体局部组织发生损伤性病变和全身炎症反应。

目前病原体分型方法主要有脉冲场凝胶电泳、多位点串联重复序列分析、多位点序列分型等，这些技术可以检测病原体的型别，但是分辨率较低，对于一些相似或变异度极高的病原体如病毒则难以区分。

而NGS技术以其高通量、快速、准确和高分辨率的特点，通过检测病原体全基因组序列，获得全部遗传信息，已成为病毒鉴定分型的金标准，对于理解病毒的流行病学、制定预防和控制策略以及评价疫苗的有效性具有重要意义。

NGS技术检测病毒两种方法

1. mNGS

mNGS方法不需要预设即能够一次性实现对样本中含有的病毒检测。这一技术特别适用于新发、罕见及未知病毒的检测。

2. tNGS

与mNGS不同，tNGS主要目标是鉴定样本中的一种或多种特定病毒。通过设计特定的引物或探针，tNGS方法可直接对样本中的目标病毒核酸进行富集，通过多重PCR扩增或探针杂交捕获技术靶向富集目标病毒，可以在排除宿主核酸干扰的同时提升检测灵敏度，该方法对于病原范围明确、常见病毒感染、病毒分型及溯源方向具有独特优势。